El paraguay surgió a la vera del río, del cual tomó su nombre. Fue a orillas del río Paraguay que el 15 de Agosto de 1.537, Don Juan de Salazar y Espinoza, fundó la ciudad “Nuestra Señora Santa María de la Asunción”, núcleo primigenio que dio origen a la Nación Paraguaya.

El primer puerto del Paraguay estaba ubicado en el lugar que actualmente se conoce como “Playa Montevideo”, en donde se erigió la primera “Casa Fuerte”.

En la década de 1.890, se realizaron importantes trabajos como, un sólido murallón, muelles de madera y galpones.

A comienzos de 1.900, fueron encaradas las obras para dotar a la Aduana de oficinas y demás dependencias.

En 1.927, el Gobierno del Paraguay autorizó a la firma norteamericana “Asunción Port Concession Corporation”, la construcción de un Puerto en la Bahía de Asunción, cuya administración y explotación fue concesionada a dicha firma hasta el año 1.940, año en que el Estado Paraguayo asumió la administración portuaria.

La actual Administración Nacional de Navegación y Puertos fue creada por Ley Nº 1.066 del 23 de Agosto de 1.965, como una empresa del Estado Paraguayo, de carácter autárquico, con personería y patrimonio propio.