Una vez elaborado el Marco Conceptual del Modelo Estándar de Control Interno para las Instituciones Públicas del Paraguay - MECIP-, el cual contiene los elementos teóricos básicos y la estructura del Marco de Control propuesta, se presenta ahora su Manual de Implementación, cuyo propósito es proporcionar las herramientas metodológicas y técnicas necesarias para inducir el diseño e implementación del Modelo. 

El Manual de Implementación del MECIP, se encuentra diseñado para que se establezca una conexión entre lo conceptual, lo técnico y lo metodológico del Control Interno, es decir, el cómo hacer que un Control Interno opere efectivamente bajo unos conceptos y unas estructuras básicas previamente planteadas. 

En consecuencia, el Manual de Implementación presenta las metodologías, procedimientos, guías e instrumentos básicos para entender cómo poner en funcionamiento el -MECIP-, bajo los siguientes parámetros: 

• Se encuentra estructurado en dos partes: la Primera, presenta los objetivos del Manual de Implementación y el Plan General de Diseño e Implementación del Modelo; la Segunda, contiene las metodologías  básicas que se deben tener en cuenta para el proceso de implementación. Cada Institución  de acuerdo con la naturaleza de sus funciones, deberá definir por intermedio de la máxima autoridad y en base a los instrumentos contenidos en el presente Manual sus propios métodos, procedimientos y dinámicas de implementación del Control Interno.
• Al igual que el Marco Conceptual, el Manual de Implementación se desarrolló bajo la estructura de Componentes Corporativos de Control; estos, a su vez, en Componentes, y cada uno de ellos en Estándares de Control, los cuales se acompañan de las metodologías y los procedimientos correspondientes de diseño e implementación.
• En cada Componente Corporativo de Control, se encontrará el Plan de Diseño e Implementación de sus Componentes y estándares; cada Componente básico de control, contiene a su vez, la Metodología de Diseño e Implementación del conjunto de estándares que lo conforman.
• Cada Estándar de Control presenta el Procedimiento general de implementación en la institución y los formatos de construcción de cada Estándar de Control.
• Las procedimientos y formatos que apoyan el diseño y la implementación, se consolidan en un Instrumento denominado Guía, la cual contiene cuatro secciones, a saber: La descripción del tema tratado en la Guía, los requerimientos o insumos requeridos para su desarrollo, los responsables para el diseño, implementación, supervisión, mantenimiento y actualización del Control Interno, y la descripción  básica de las operaciones requeridas para lograr los productos que de ellas se derivan.
• Los Procedimientos se encuentran respaldados en las guías, que contienen las instrucciones básicas para ejecutar cada procedimiento de diseño e implementación. 

Lo anterior unido al compromiso de la máxima autoridad de la institución pública y su equipo directivo; a una regulación adecuada del Control Interno; a una gestión eficiente del directivo responsable de la implementación y a una evaluación oportuna de la Auditoría Interna, garantiza el cumplimiento de los objetivos de cada organismo y entidad y de su función social dentro del estado.